Nagatachô, el céntrico distrito de Tokio, queda arrasado tras el ataque de unas amebas de origen alienígena. Kanon Kôzuki, de 23 años, vivió el incidente cuando aún iba a bachillerato, ocho años atrás. Desde entonces sigue profesando una devoción no correspondida hacia Sôsuke Sakai, un compañero del que ha estado siempre enamorada. Los sentimientos afloran a niveles inusitados cuando Kanon se reencuentra con él y decide poner fin a la soledad tan dispar, pero a la vez tan cercana que los une.