Un mundo en el que Shinji Ikari impidió el Plan de Complementación Humana... En el que, años después, la agencia especial Nerv ha sido rebautizada como «Nerv Japón». A su mando está ahora la comandante Misato Katsuragi y, bajo su batuta, aquellos niños, ahora con diecisiete años, que se preparan para el retorno de los ángeles.

Sin embargo, Rei N.º Quatre, una de las Rei Ayanami de las «Cuatro» que forman la red global de búsqueda y aniquilación de ángeles, se desboca. Para detenerla, Shinji usa la Unidad 01 y le dispara un láser de rayos gamma, lo que provoca su desaparición...

He aquí una historia llena de nuevas posibilidades de otro Evangelion, nacida a partir del episodio 24 de la serie de animación, diez años después de ese primer final.